οδηγήθηκε στον πειθαρχικό ουλαμό Καλπακίου. Μετά την απόλυσή του ανταποκρίθηκε σε διάφορες κομματικές χρεώσεις και διώχθηκε κατά καιρούς από το αστικό κράτος και τις κυβερνήσεις του. Την περίοδο της δικτατορίας του Μεταξά εξορίστηκε στη Γαύδο και φυλακίστηκε στην Αίγινα (1938). Το 1939 μεταφέρθηκε στην Κέρκυρα. Υπέγραψε δήλωση μετανοίας και αποφυλακίστηκε. Στη διάρκεια της Κατοχής βρέθηκε στην Αθήνα, όπου τον Ιούλη του 1941 συνδέθηκε με την ΚΕ, η οποία τον αποκατέστησε στο Κόμμα. Τον Αύγουστο του ίδιου έτους του ανέθεσε να συγκροτήσει αντάρτικο στρατό. Αυτό το καθήκον ο Άρης το έφερε σε πέρας με τον καλύτερο τρόπο. Το Μάη του 1943 με τη δημιουργία του Γενικού Στρατηγείου του ΕΛΑΣ ανέλαβε καπετάνιος του.
Ο Άρης αντιτάχθηκε στη Συμφωνία της Βάρκιζας και τη χαρακτήρισε λαθεμένη. Στο διάστημα Φλεβάρης - Απρίλης του 1945 ανέλαβε με δική του ευθύνη πρωτοβουλίες για τη συγκρότηση νέου αντάρτικου στρατού, παρά την αντίθετη απόφαση του ΚΚΕ. Η δράση του αυτή είχε ως αποτέλεσμα τη διαγραφή του από το Κόμμα.
Το 2011 η Πανελλαδική Συνδιάσκεψη του Κόμματος αποφάσισε την επίσημη πολιτική αποκατάσταση του Άρη Βελουχιώτη. Θεώρησε ότι είχε δίκιο ως προς την εκτίμηση που έκανε για τη Συμφωνία της Βάρκιζας. Παράλληλα, σημείωνε ότι η διαφωνία του Άρη με τη Συμφωνία της Βάρκιζας δε δικαιώνει τη στάση του απέναντι στη συλλογική θέση του Κόμματος και την παραβίαση από αυτόν της κομματικής πειθαρχίας, καθώς και την αξιοποίηση από τον Άρη της φήμης και του σεβασμού που είχε κατακτήσει την προηγούμενη περίοδο ως καπετάνιος του ΕΛΑΣ και στέλεχος του ΚΚΕ. Η στάση του αυτή, που αποτέλεσε ρήξη με τη θεμελιώδη αρχή του δημοκρατικού συγκεντρωτισμού, δεν καθιστά δυνατή τη μετά θάνατο αποκατάσταση και της κομματικής του ιδιότητας.
Η Πανελλαδική Συνδιάσκεψη κατήγγειλε την απόπειρα της αστικής και οπορτουνιστικής προπαγάνδας και ιστοριογραφίας που παίρνουν δήθεν υπό την προστασία τους τον Άρη, για να επιτεθούν στο ΚΚΕ. Στη λαϊκή συνείδηση, ο Άρης Βελουχιώτης είναι ταυτισμένος με την ηρωική πορεία του ΚΚΕ, τον αγώνα για την ανατροπή της ιμπεριαλιστικής βαρβαρότητας. Ο Άρης Βελουχιώτης τάχθηκε υπέρ της ένοπλης πάλης, που την απορρίπτουν όσοι επιχειρούν να τον οικειοποιηθούν
«...Αν στη ζωή μου υπάρχει ένα σημείο που με συγκίνηση και με υπερηφάνεια αφάνταστη από καιρού σε καιρό γυρίζω και βλέπω, είναι ακριβώς η εποχή που μπήκα στο Κομμουνιστικό Κόμμα. Διαπαιδαγωγήθηκα ταξικά, έμαθα το συμφέρο μου, πέταξα τον κεφαλαιοκρατικό πολιτισμό στα μούτρα της λωποδύτριας μπουρζουαζίας και ρίχτηκα με πίστη, με θέληση, με ηρωισμό στον αγώνα για τις εργαζόμενες μάζες. Εκτοτε δεν έχω στο ενεργητικό μου παρά φυλακίσεις για πάλη επαναστατική. Μιλάν τα γεγονότα, μιλάει αυτή η αλήθεια. Ούτε ΜΙΑ ΚΗΛΙΔΑ. Είναι αυτό σε βάρος μου; Είναι αυτό στοιχείο ενάντια στο Κομμουνιστικό Κόμμα; ΤΙΜΗ ΜΟΥ ΜΕΓΑΛΗ ΕΙΝΑΙ ΚΑΙ ΤΙΜΗ ΜΕΓΑΛΥΤΕΡΗ ΣΤΟ ΚΟΜΜΟΥΝΙΣΤΙΚΟ ΚΟΜΜΑ ότι γλίτωσα απ' τη διαφθορά της συνείδησης, στην οποία με οδηγούσε το ληστρικό αστικό καθεστώς και κόσμησα τον Κλάρα που φερόντανε τροχάδην στον γκρεμό με ΑΓΝΑ ΕΠΑΝΑΣΤΑΤΙΚΑ στοιχεία και μόνο με τέτοια. Το Κομμουνιστικό Κόμμα εξαγνίζει και δημιουργεί αγωνιστές αφοσιωμένους στη μεγάλη υπόθεση του προλεταριάτου. Είναι το μόνο κόμμα που οδηγεί τους εκμεταλλευόμενους στον ιστορικό δρόμο: Στην οριστική απελευθέρωση του προλεταριάτου. Στο κόμμα αυτό έδωσα όλη μου τη ζωή και θα συνεχίσω να δίνω όσες δυνάμεις μου απομείναν στον αγώνα του, για το ψωμί των εργαζομένων, κατά των φόρων και των πολέμων, για την επανάσταση».
